体外结合实验与免疫沉淀的区别

体外结合实验与免疫沉淀的区别-详情"蛋白质体外结合实验（即Pull-down实验）和免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）是研究蛋白质相互作用的两种方法，两者存在一定区别又可互为验证试验。免疫共沉淀实验（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）与IP实验一样，两者均是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。其原理是：当细胞在非变性条件下裂解时，体内存在的蛋白质利用抗体与抗原之间的亲和性将互作

CO-IP后做质谱实验分组的设计

CO-IP后做质谱实验分组的设计-详情"免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）是利用固定在磁珠或琼脂糖树脂等基质上的特异性抗体对抗原进行小型亲和纯化的一种方法。免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一种常用的鉴定蛋白-蛋白相互作用的方法，通过使用诱饵蛋白（IP中的抗原，bait protein）特异性抗体间接捕获与其结合的靶蛋白（prey protein）。在免疫沉淀串联质谱（IP-MS）实验过程中，质谱检测环节对于实验组和对照组

SILAC-MS-IP

SILAC-MS-IP-详情"免疫共沉淀（Co-IP）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，用于确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合，也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。Co-IP与质谱（MS）可以对整个蛋白复合物进行富集，进而鉴定这

SILAC-IP

SILAC-IP-详情"SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture）技术即细胞培养条件下稳定同位素标记技术，采用含有轻、重同位素型必需氨基酸（主要是Lys和Arg）的培养基进行细胞培养，细胞传代若干代后（一般培养5-6代），细胞内蛋白质被同位素稳定标记，将蛋白质等量混合后进行分离和质谱鉴定，根据比较一级质谱图中两个同位素型肽段的面积进行相对定量。免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）技术是基于抗体

IP样品考染

IP样品考染-详情"IP样品考染即将免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）拉下的蛋白样品电泳后进行考马斯亮蓝染色。在获得IP样品之后，质谱检测之前，一般需要将IP样品进行电泳预实验以评估其质量。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）及考马斯亮蓝染色（简称考染）预实验可评估IP样品蛋白量，从而评估该IP样品是否适用于质谱检测。若考染结果表明IP样品中蛋白量较高且差异明显，则可将该IP样品进行后续的质谱送样检测

IP后跑胶

IP后跑胶-详情"在获得免疫沉淀（IP）样品之后，由于质谱检测的成本相对较高，需要在IP样品进行质谱检测之前进行IP后跑胶预实验。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）分别进行蛋白质印迹（Western blot，WB）及银染或考染预实验,评估该IP样品是否适用于质谱检测。通过SDS-PAGE电泳和银染或考染预实验可评估IP样品蛋白量，WB预实验可评估IP所用抗体的特异性和亲和富集效率。通过加入SDS-PAGE试剂制作SDS-PAGE凝胶板，

IP质谱结果分析

IP质谱结果分析-详情"免疫沉淀（IP）是研究蛋白质相互作用的一种经典技术，而免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）是目前应用zuì广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后，需要进行IP质谱结果分析才能得出zuì终的结论。在目前的IP-MS处理中，常以蛋白的非标记定量信号强度（LFQ intensity）为指标对蛋白质进行定量分析，可通过选择更高的差异蛋白筛选阈值的设定来对实验组与对照组间蛋白定量差异进行分析。在IP-MS

通过IP所得样本进行蛋白质谱分析

通过IP所得样本进行蛋白质谱分析-详情"一般的质谱技术是不能直接研究蛋白互相作用的，需要和其他技术联用，如通过免疫沉淀（IP）所得样本进行蛋白质谱分析，然后再用质谱法鉴定IP所得样品中的蛋白质。甚至于可以比较不同样本中，这些蛋白的相对丰度并寻找差异蛋白。质谱技术不仅能够验证已知蛋白相互作用，还可以鉴定与目标蛋白发生相互作用的未知蛋白。IP即免疫沉淀，它是用靶蛋白的特异性抗体捕获细胞内的靶蛋白复合物。基于“靶

IP-MS打质谱非特异互作的蛋白一般有哪些

IP-MS打质谱非特异互作的蛋白一般有哪些-详情"免疫沉淀（IP）是研究蛋白质相互作用的一种经典技术，而免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）是目前应用zuì广泛的蛋白相互作用研究方法之一。IP-MS的主要原理是基于特异性抗体或其他亲和试剂与靶标蛋白的亲和作用，通过免疫共沉淀（Co-IP）将靶标蛋白与靶标蛋白相互作用的蛋白从复杂的样本中提取出来，进而进行质谱检测以鉴定靶标蛋白的相互作用蛋白。通过IP-MS研究蛋白相互作用以及互作蛋

验证蛋白磷酸化

验证蛋白磷酸化-详情"蛋白质磷酸化在许多生物学过程中起着非常重要的作用，包括细胞生长、增殖、泛素介导的蛋白降解等过程。在研究蛋白的磷酸化修饰过程中，shǒu先需要确定哪些候选蛋白被磷酸化修饰了，确定研究哪些目标蛋白，之后需要靶向的针对这些目标蛋白来分析验证蛋白磷酸化。一般可以通过几下几种方法验证蛋白磷酸化，以内源材料/过表达目的蛋白为例：（1）通过标签抗体（或者目的蛋白一抗）进行免疫沉淀（IP）实验，然后

无标记磷酸化

无标记磷酸化-详情"蛋白质磷酸化是一种重要的翻译后修饰（PTM），它动态可逆地调控细胞中几乎任意一个生物学过程。伴随着基于质谱的蛋白质组学技术和磷酸化多肽富集方法以及高通量定量技术的不断发展，磷酸化蛋白组学已经成为目前zuì为成熟的PTM研究方向。无标记磷酸化是利用无标记定量方法对具有磷酸化修饰的蛋白质肽段进行相对定量分析，以下将对两种常用的无标记磷酸化检测技术进行简单概述。传统非标记定量（Label Free Quant

体内磷酸化位点鉴定

体内磷酸化位点鉴定-详情"体内磷酸化的过程就是在激酶的催化作用下，将三磷酸腺苷（ATP）的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸侧链上，ATP随之变为二磷酸腺苷（ADP）。磷酸化修饰可以发生在多种氨基酸残基上，主要集中在肽链中的酪氨酸、丝氨酸、苏氨酸残基上，这些残基上具有游离的羟基，且本身不带电荷，当磷酸化作用后，蛋白质便具有了电荷，从而使结构发生变化，进一步引起蛋白质活性的变化。体内磷酸化位点鉴定主要通过质谱法进行

液质联用检测磷酸化位点

液质联用检测磷酸化位点-详情"过去确定磷酸化位点zuì常用的是逐步化学降解法，如丝氨酸和苏氨酸磷酸化分析方法、酪氨酸磷酸化分析方法。随着生命科学技术的发展，化学方法已经被质谱法所取代，目前可通过液质联用（LC-MS）检测磷酸化位点。液质联用一般是由前端液相色谱+质谱仪组成，液相色谱为分离系统，质谱为检测系统，样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图

磷酸蛋白组学

磷酸蛋白组学-详情"蛋白质组（Proteome）是由一个基因组(Genome)，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(protein)。蛋白质组学（Proteomics）是以蛋白质组为研究对象，对细胞、组织或生物样品中蛋白质组成、翻译后修饰（PTM）及蛋白相互作用等变化规律的科学。磷酸化是zuì为广泛研究与应用的PTM之一，它控制下游信号通路调节细胞增殖、分化和凋亡等过程。磷酸化蛋白质组（Phosphoproteome）就是蛋白质组中全部的磷酸化蛋白质。磷酸蛋

蛋白质磷酸化测序

蛋白质磷酸化测序-详情"蛋白磷酸化是在酶的催化作用下，将ATP中γ位的磷酸基团转移至蛋白质氨基酸侧链上的过程。蛋白质磷酸化在控制诸如增殖、分化和凋亡等生物过程中发挥着重要作用。了解蛋白质磷酸化过程shǒu先需要对磷酸化蛋白或肽段进行纯化富集，之后进行蛋白质磷酸化测序，根据磷酸化肽段或残基序列进一步确定磷酸化位点，zuì终确定磷酸化修饰蛋白对细胞生命活动的影响机制。质谱分析技术（Mass Spectrometry, MS）可对磷

磷酸化组学分析技术

磷酸化组学分析技术-详情"磷酸化蛋白质组（Phosphoproteome）就是蛋白质组中全部的磷酸化蛋白质，而磷酸化蛋白质组学（Phosphoproteomics）就是针对磷酸化蛋白质的全面分析，包括对磷酸化的定性、定位和定量。磷酸化蛋白质组学分析技术主要与质谱技术相结合进行分析，分析流程包括样品中提取蛋并酶解成肽段，之后利用固定金属离子亲和色谱法（IMAC）、二氧化钛亲和色谱法（TiO2）等方法富集磷酸化肽段，zuì后联合质谱检测技术进行

蛋白激酶磷酸化活性位点

蛋白激酶磷酸化活性位点-详情"磷酸化对蛋白质功能的正常发挥起着重要的调节作用，该过程是由蛋白质激酶（protein kinases， PK）催化的把ATP或GTP的γ位磷酸基转移到底物蛋白质的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸等氨基酸残基上的过程。蛋白激酶是激酶家族里面zuì大的族群，可通过催化特定底物蛋白的磷酸化将ATP末端的γ-磷酸基团转移到底物蛋白质的特定氨基酸上，从而影响底物的结构和活性，进而参与一系列细胞信号传导和调节过程以在细胞

磷酸化位点的质谱检测实验原理

磷酸化位点的质谱检测实验原理-详情"磷酸化是研究zuì为频繁的翻译后修饰之一，它能控制下游信号通路调节细胞增殖、存活和分化等过程。如今，基于质谱的磷酸化蛋白质组学是一种成熟的方法，可对磷酸化蛋白和复杂样品中的肽进行磷酸化表征和定量。在此之前，进一步了解磷酸化位点的质谱检测实验原理显得愈发重要。质谱（mass spectrometry，MS）是一种分析技术，可产生包含材料样品的原子或分子质量的光谱。光谱用于确定样品的元素

IMAC富集磷酸化肽段的步骤

IMAC富集磷酸化肽段的步骤-详情"磷酸化修饰是一种可逆的蛋白修饰，调控蛋白活性，传递信号，是细胞健康和疾病的核心调控机制；真核生物中预计有三分之一的蛋白具有磷酸化修饰。然而，磷酸化修饰的丰度很低，直接进行质谱（MS）检测，非磷酸化的肽段会造成很高的背景，因此磷酸化肽段需要进行富集后检测。此外，对样品磷酸化肽段预先分离纯化并进行富集也可降低样品复杂程度，从而改善磷酸肽的MS信号并提高MS检测深度。固相金属亲和

蛋白磷酸化检测最新方法

蛋白磷酸化检测最新方法-详情"蛋白质磷酸化指由蛋白质激酶催化的把ATP或GTP的γ位的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）上的过程，而其逆向过程则是由蛋白质磷酸酶去除相应的磷酸基团。对蛋白磷酸化进行检测与表征，可更好的了解磷酸化过程及其涉及到的生理活动调控及功能。在进行蛋白磷酸化检测时，选择的方法可能会因具体样本、实验室仪器等因素而有所不同。常用的磷酸化检测方法包括32P同位素放射性标