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免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）可在体外检测两种蛋白质之间特定相互作用的存在。Co-IP在非变性条件下裂解细胞，保留了许多细胞内蛋白质相互作用。如果蛋白质 X 能与抗体特异结合，那么与蛋白X相互结合的蛋白Y会通过蛋白X与抗体的特异性识别一起沉淀下来。通过研究蛋白质 Y，可以确认蛋白质 X 和 Y 之间的相互作用。在Co-IP分析中，诱饵蛋白和猎物蛋白呈天然构象状态，其相互作用发生在体内，受外部影响较少，且不需要克隆和异源表达，只需要选择合适的抗体即可开始实验。
Pull Down是一种利用诱饵蛋白富集与诱饵蛋白相互作用的蛋白质的体外亲和纯化方法。免疫共沉淀利用抗体蛋白识别并结合相互作用的蛋白X和Y，而Pull Down将目标蛋白作为诱饵蛋白直接识别并结合能与其相互作用靶蛋白，具有纯化低丰度蛋白质复合物的能力，通常用于体内外的转录系统。
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