序列分析
蛋白质是由多个氨基酸经过脱水缩合连接在一起形成的。氨基酸是蛋白质的基本组成单元,其排列顺序即蛋白质的序列信息是蛋白质的一级结构。蛋白质的一级结构决定了蛋白质其它高级结构,并定义了蛋白质的功能。因此,对蛋白质进行序列分析有助于蛋白质的结构和功能的分析。序列分析蛋白质的序列分析技术主要可以分为质谱法和非质谱法。其中质谱法可以用于蛋白质的末端(N端或C端)测序,也可以用于蛋白质的全序列测定、从头测序和突变
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2023-01-05 08:28
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蛋白组学和脂质组学联合揭示环境污染对大西洋鳕鱼的影响
海洋环境处于持续的污染压力下,除了石油和天然气等海上作业外,还有大量来自陆地污染源的污染物,包括工业农业活动以及污水排放。其中两类较为丰富的环境污染物主要包括多环芳烃(PAH)和全氟烷基物质(PFAS)。已在海洋生物,包括几种鱼类和海洋哺乳动物中,检测到PAHs和PFASs。将几种硬骨鱼暴露于PAHs和PFASs,发现有毒害影响,例如发育毒性、行为异常和生殖系统破坏。关于PAHs和PFASs结合时如何发挥毒性的研究还很少。在环境毒
北美鹅掌楸的花为何有一个亮橙色的带?
图片中这种美丽的花是北美鹅掌楸的花。图中可见,在花瓣的根部附近有一个亮橙色的带,为什么北美鹅掌楸的花有一个亮橙色的带呢?转录组学与代谢组学联合分析为您揭秘!s3美丽的花朵不仅可以供我们观赏,花瓣的颜色也是吸引传粉者以确保繁殖成功的主要花卉特征。花色的多样性主要由三大类色素构成:类黄酮、类胡萝卜素和甜菜碱,这些色素合成相关基因表达的精确时空调节产生了特定的着色模式。北美鹅掌楸(Liriodendron tulipifera
脂质、转录组学分析发现Newhall脐橙有无光泽的分子机制
不知道大家平时在买水果的时候是不是都更喜欢有光泽的水果呢?可是,市场上一些有光泽的水果并不是天然就有光泽的。打蜡和抛光是新鲜柑橘商品化的关键步骤。但是,该过程中使用的合成蜡,由于独特的化学特性,会阻塞气孔并影响果实品质。因此,让栽培的水果具有期望的颜色、高光泽度、优良内部品质和强抗菌性能是相当重要的。作为植物与环境接触的第一个外部屏障,柑橘类水果的表皮蜡质已被报道在保水性、气体交换和果实表面光泽度
精确质量测定
精确质量测定可用于化学和生物化学包含的所有领域。它可用于鉴定复杂混合物中的未知化合物,从而简化这些组分的鉴定。测量的准确度是指测量得到的值与其实际真实值的符合程度。近年来,生物样品的质量测定受到越来越广泛的关注,同时,准确测定此类化合物的质量也遇到了新的挑战。通过各种仪器实现准确的质量测量,尤其是质谱技术的进步使通过质谱进行精确的质量测量应用更为广泛。精确质量测定百泰派克生物科技提供蛋白质、寡核苷
CO-IP免疫共沉淀法蛋白互作分析
免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)技术是一种通过使用能够与蛋白质结合的抗体从溶液中分离出特定蛋白质的技术,是抗原纯化和检测中使用最广泛的方法之一。通过添加不溶形式的抗体结合蛋白(例如与琼脂糖浆液或新近流行的磁珠缀合的蛋白A或Protein G)从溶液中去除抗体-蛋白复合物。免疫沉淀法使用抗原特异性抗体从复合抗原溶液中分离目标抗原,并使用聚丙烯酰胺凝胶SDS-PAGE法分析复合蛋白混合物中存在的抗体反应性抗原的数量和
GST pull-down蛋白相互作用分析
标准的pull-down分析需要带有重组亲和标签的纯化蛋白,该标签具有“诱饵”的功能,并固定在标签特异性亲和配体上。然后将另一种蛋白质或“猎物”蛋白质与“诱饵”蛋白质一起孵育。当这两种蛋白质发生物理相互作用时,“猎物”蛋白质将被“诱饵”蛋白质捕获。之后,取决于亲和配体,可以使用洗脱缓冲液洗脱相互作用的“猎物”蛋白。最后,“猎物”和“诱饵”蛋白都可以通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离,然后
蛋白质相互作用质谱分析
在过去的几十年中,以质谱(MS)为基础的蛋白质组学已经成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPIs)的重要技术。蛋白质通过与其它蛋白质或化合物相互作用,形成大分子化合物,从而发挥生物学功能。对蛋白质相互作用的研究能够帮助我们更好的理解蛋白质。当通过IP, CO IP或GST pull-down等蛋白质相互作用分析手段,获得靶标蛋白后,通过质谱分析方法对该蛋白进行分析,鉴定及定量,能够对相互作用蛋白进行表征,进一步对蛋白质功能进行
交联法蛋白相互作用分析
生理条件下,大多数蛋白质间相互作用持续时间很短,从而使得相互作用研究变得很困难。交联试剂为这一问题提供了解决方案,即在蛋白质相互作用时将它们共价交联在一起,捕获蛋白质-蛋白质复合物,冻结短暂微弱的相互作用,从而实现对短暂相互作用蛋白的分离和表征。交联过程在体内或体外都可以进行,使用体内还是体外交联取决于项目的需求。两者区别在于,蛋白质在体内交联过程中以天然状态交联,而对于体外交联,蛋白质可能会发生
Far-Western Blot分析
Far-Western Blot是一种基于Western Blot技术的分子生物学方法,可用于检测体外蛋白质与蛋白质的相互作用,尤其是不需要目标蛋白质的天然结构的相互作用检测。Far-Western Blot技术的整体工作流程与Western Blot相似,只是Western Blot中探测目标蛋白质需要抗体,而Far-Western Blot分析中不需要抗体,而是使用经过纯化和标记的“诱饵”蛋白来探测和检测膜上的目标蛋白。在Western Blot和Far-Western Blot中,蛋白质都是通过SD
从头测序
蛋白分子在单克隆抗体药物,生物疫苗,诊断试剂盒研发等生物药物领域中扮演了关键的角色。准确测定蛋白质序列在研发商业单克隆抗体,疫苗,以及试剂盒等药物方面有着很重要的作用。百泰派克公司基于高分辨率质谱仪Obitrap Fusion Lumos,结合丰富的生物信息学分析经验,建立了全新一代蛋白从头测序和突变分析(De Novo Sequencing)平台,能够实现对单克隆抗体一级结构序列,蛋白质序列和突变进行快速准确的分析。从头测序从头测序
基于Edman降解的蛋白N端序列分析
表达纯化后的蛋白产物,特别是蛋白品的分析过程中,需要对蛋白的末端进行验证,以保证表达纯化产物的N端和C端序列准确。Edman降解法是蛋白的N端序列分析中非常成熟的方法之一,有着广泛的应用。百泰派克公司采用岛津公司Edman测序系统,为广大科研工作者和科研客户提供纯化后蛋白产物、抗体以及蛋白疫苗的N端测序服务。采用我们的测序系统,可以测定N端30个氨基酸的序列信息。采用特定的蛋白上样系统,可以测定N端的60-70个氨基酸
基于质谱的序列分析
基于质谱的蛋白质、抗体、多肽等样品的序列分析,是对样品氨基酸序列的分析。质谱测序即指基于质谱对样品一级结构氨基酸序列的测定。在进入质谱序列分析之前,我们先对几个定义进行简单的介绍。氨基酸是含有胺(-NH2)和羧基(-COOH)官能团以及每个氨基酸特有的侧链(R基团)的有机化合物。肽是由肽键连接的两个至五十个氨基酸组成的短链。多肽是更长、连续、不分支的肽链,最多可包含约五十个氨基酸的较长的肽链。包含五十个以上
多肽从头测序
多肽的序列分析常见的有两种方法:数据库搜索和de novo从头测序法。数据库搜索需要在已知/给定的数据库中进行搜库,从而对多肽序列进行识别。但是由于有些物种的数据库不足,很多新的或是活性肽无法在数据中匹配到。多肽从头测序可以解决这个难题。多肽从头测序是指在没有序列数据库的帮助下,利用串联质谱(MS/MS)获取肽的氨基酸序列的分析过程。优势在于,无论有没有理论数据库,抑或是新的、未知的多肽均可对其进行序列分析。从
蛋白测序
蛋白质一级结构是组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。蛋白测序,蛋白序列分析,蛋白一级结构分析,蛋白氨基酸序列分析是确定蛋白质全部氨基酸序列的过程。通过蛋白质测序获得的信息,有非常多有价值的用途,包括:1,用于蛋白质的鉴定;2,设计分子克隆的探针;3,合成可用作免疫原的肽段等。蛋白测序服务常见有两种主要的方法:Edman降解(Harvey和Ferrier,2011; Bauer等,1997)和质谱分析(MS)(Sahukar等,2016)。目前使用
pull down和免疫共沉淀的区别
免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)可在体外检测两种蛋白质之间特定相互作用的存在。Co-IP在非变性条件下裂解细胞,保留了许多细胞内蛋白质相互作用。如果蛋白质 X 能与抗体特异结合,那么与蛋白X相互结合的蛋白Y会通过蛋白X与抗体的特异性识别一起沉淀下来。通过研究蛋白质 Y,可以确认蛋白质 X 和 Y 之间的相互作用。在Co-IP分析中,诱饵蛋白和猎物蛋白呈天然构象状态,其相互作用发生在体内,受外部影响较少,且不需
抗体测序
好的、有活性的、有效的抗体是一个价值数十亿美元的产业。如果您仅仅拥有杂交瘤细胞是远远不够的,因为储存事故、基因漂移或污染都会威胁到抗体的安全。因此当您获得了这样的一个抗体,一个更有效的方法是对抗体的序列进行序列分析,从而在任何时候都可以进行抗体的重组生产。又或者当你获得了一个有效抗体,想要对它进行产权保护或者想要扩大培养,获取该抗体的准确的序列信息都是非常必要的过程。对抗体进行序列分析是保护您的抗
基于Top down自上而下法的蛋白质测序
在Top down自上而下的蛋白质组学分析中,由ESI或MALDI产生的完整蛋白质分子离子被引入质量分析器,并通过气相裂解。自上而下的分析有助于直接观察C末端和N末端截(truncations)的序列及通过不同的序列对异构体进行区分。基于Top down自上而下法的蛋白质测序分析服务与传统的Edman降解法相比,百泰派克生物科技提供基于Top down自上而下法的蛋白质测序分析服务,使用MALDI ISD质谱技术提供N端和C端测序服务。即使在末端被修饰,包
蛋白质圆二色谱分析
蛋白质分子中存在不对称的二级构象,如α-螺旋、β-折叠、β-转角等立体结构,这使得蛋白质分子对左、右圆偏振光的吸收也不同,经左、右圆偏振光透过后变成椭圆偏振光,这种现象被称为蛋白质的圆二色性。圆二色谱(circular dichroism,CD)即是利用溶液中的光学活性分子(如蛋白质、DNA)的圆二色性解析其二级、三级构象的一项重要技术,目前被广泛应用于大分子立体结构与功能、相互作用的研究中。百泰派克公司提供专业的圆二色谱
蛋白质质谱鉴定
单一蛋白质或者蛋白混合物的蛋白质谱鉴定/分析,以及对单一蛋白质的蛋白序列分析是生物学研究中经常遇到的问题。基于质谱法获取蛋白质序列的序列信息以及通过质谱法进行蛋白质质谱鉴定,蛋白质谱分析从而实现蛋白质鉴定,即protein identification,基于LC-MS的蛋白质谱鉴定。常见分析包括:质谱测定蛋白分子量,蛋白的N端和C端测序,蛋白质序列分析及,翻译后修饰位点分析等。百泰派克生物科技使用Thermo公司最新推出的Obitrap Fu
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