4D蛋白组学与3D蛋白组学
4D蛋白组学与3D蛋白组学-详情蛋白质组学就是对系统中全部蛋白质的组成、含量、结构、修饰、活动规律以及蛋白质之间的相互作用等进行研究的一门科学,目前主要通过质谱技术开展蛋白质组学的相关研究。质谱分析技术的基本原理主要是通过分析被测样品离子的质谱图中包含的理化性质来进行,如离子质荷比(m/z)、离子峰强度(intensity)和保留时间(retention time),基于这三个维度进行的蛋白质质谱分析称为3D蛋白组学,也就是常说
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2023-09-11 09:28
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4D蛋白组和代谢组联合分析
4D蛋白组和代谢组联合分析-详情多组学联合分析是指对来自不同组学如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、微生物组、糖组和脂质组等的批量数据进行整合处理、比较分析以及相关性分析等统计学分析,同时结合相关生物信息学分析手段如GO富集分析、KEGG分析、代谢通路富集等分析建立不同层次组学数据之间的关系,挖掘单一组学不能反映的更多有意义的数据,系统全面地解析生命活动代谢通路和调控机制。“组”是一个集体的概念,蛋白质组
2D-Gel
2D-Gel-详情二维凝胶(2D-Gel)电泳是一种公认的对低丰度蛋白质进行高分辨率分离和分析的zuì佳选择。复杂蛋白质样品的分析面临着繁琐、耗时和昂贵等问题,样品分离和二维电泳技术发展为在复杂生物样品中识别低丰度蛋白质提供了很好的途径。二维凝胶电泳又称双向电泳(2-DE),通过等电点和相对分子质量两个维度对复杂、混合蛋白质样品进行分离,由等电聚焦电泳(IEF)和SDS-聚丙烯凝胶电泳组成。先通过等电聚焦电泳使蛋白质按等电
多肽类HPLC分析
多肽类HPLC分析-详情多肽是生物体内具有生物活性的化合物,它与蛋白质之间没有明显的界限,一般将2-100个氨基酸脱水缩合形成的化合物称为多肽,相对分子质量大约在50-10000Da之间。分子质量在2000-4000范围内的多肽相对适中或偏小,利用高效液相色谱(HPLC)可以进行较好的分离和纯化。高效液相色谱相对传统的液相色谱增加了一个高压泵装置,利用高压泵对流动相(待分离物)进行加压,使其通过填装有小微粒的色谱柱,实现各多肽组
16S全长和16S rDNA
16S全长和16S rDNA-详情16S rDNA指的是编码细菌核糖体小亚基16S rRNA的基因,存在于所有细菌基因组中,长度大约为1540 bp,约占细菌基因组的80%,是细菌基因组中结构和功能的高度保守区,著有“细菌化石”之称,是细菌系统进化与分类研究中zuì重要、zuì常用的分析对象。16S rDNA除了高度保守区以外还有可变区,高度保守的序列体现了不同物种之间的亲缘关系,可变区序列则能反应物种之间的差异性。随着测序技术的快速发展,目前已
蛋白质组学质谱分析
蛋白质组学质谱分析-详情联系我们点击立即咨询点击提交需求科研服务电话:182-4221-8588访问品牌官网其它服务项目蛋白分析蛋白鉴定分子量测定肽质量指纹图谱分析基于Edman降解的蛋白质N端测序Pull-down靶蛋白质谱鉴定Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定蛋白测序蛋白质N/C端测序蛋白全序列测定标记转移法蛋白相互作用分析单克隆抗体从头测序蛋白从头测序和突变分析SILAC与免疫共沉淀质谱联用蛋白质相互作用分析蛋白质相互作用质谱分析GST pull
4D Label Free
4D Label Free-详情Label Free是蛋白组学研究中常用的基于液相色谱串联质谱的蛋白质非标记定量技术,其大致流程是将没有进行化学标记的蛋白质酶解肽段通过串联质谱进行检测,然后分析质谱数据如肽段离子和碎片离子的信号峰强度等实现肽段对应的蛋白质的相对定量。传统的蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间、质荷比以及离子强度这三个维度进行的,又称3D蛋白质组学。4D蛋白质组学就是在3D的基础上增加了肽段碰撞截面积(CCS)—
微生物组
微生物组-详情微生物就是一切肉眼难以辨别的需借助显微镜才能观察到的微小生物的总称,包括细菌、真菌、病毒、藻类和一些小型原生生物等。“组”在生物学上指的是某一类研究对象的总称,如蛋白质组就是以所有蛋白质为研究对象,微生物组就是指某一特定环境中的所有微生物或动植物体上共生/寄生的微生物以及病理微生物群体等,包括他们的DNA序列等遗传信息。目前,研究微生物组的主要技术手段包括基于高通量测序的宏基因组和宏转录
如何鉴定组蛋白甲基化修饰的差异
如何鉴定组蛋白甲基化修饰的差异-详情组蛋白甲基化修饰是指在甲基转移酶作用下组蛋白的氨基酸残基共价结合甲基的过程,由于甲基化残基和甲基化程度的差异使组蛋白可以发生不同类型的甲基化修饰。常见的组蛋白甲基化残基有赖氨酸(Lys)和精氨酸(Arg)残基,这两种残基上可以发生不同程度的甲基化,赖氨酸的N末端可以结合1-3个甲基,发生赖氨酸单、双、三甲基化;精氨酸可以共价结合1-2个甲基,发生单、双甲基化。组蛋白甲基化修饰
N糖分析
N糖分析-详情蛋白糖基化修饰是一种常见的、重要的蛋白质翻译后修饰,是蛋白质在合成中或合成后在特定氨基酸位点与寡糖或聚糖以糖苷键共价结合的过程。糖基化对蛋白质的结构、定位和活性等方面有重要影响,进而影响蛋白质的生物学功能。根据糖基化发生的氨基酸位点可以将其分为N-连接糖基化和O-连接糖基化。N糖(N-Glycan)是一种含有Man3-GlcNAc2结构的寡糖,根据其五糖核心的结构可以分为高甘露糖型、复杂型和杂合型。N-型糖苷键
16S和非靶代谢联合分析
16S和非靶代谢联合分析-详情16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体RNA(rDNA)的DNA序列,不同种属细菌的16S rDNA序列之间存在一定的差异,可以用于检测和鉴定各种不同的致病菌,在微生物群落的系统进化与分类研究中也具有重要作用。非靶向代谢组学是相对于靶向代谢组学而言的,又称为发现代谢组学。非靶向代谢组学不是对某一特定的代谢产物进行研究,而是通过对比实验组和对照组的代谢产物来寻找有意义的差异代谢物,为寻找生物标志物
LC-MS-MS定量蛋白质组学分析
LC-MS-MS定量蛋白质组学分析-详情LC-MS/MS即液相色谱串联质谱技术,用于混合物的分离纯化和定性定量鉴定,是蛋白质组学分析中的常用技术。LC-MS/MS将液相色谱与质谱技术联合起来,利用液相色谱技术实现混合物中各组分的分离纯化,质谱技术可对一定纯度的化合物进行定性定量以及结构分析。液相色谱与质谱技术优势互补,联合使用可实现复杂样品中各组分的分离和鉴定双重任务。蛋白质样品经液相色谱分离后利用一级质谱和二级质谱进行
单细胞蛋白组学分析 FFPE
单细胞蛋白组学分析 FFPE-详情单细胞蛋白质组学顾名思义是以单个细胞的全部蛋白质,如胞内蛋白和膜结合蛋白作为研究对象的科学。单细胞蛋白组学将研究对象主要是单个细胞,为研究细胞异质性、构建精细的蛋白分子图谱和空间网络框架等提供了理论依据,在肿瘤异质性和干细胞分化等研究领域中具有重要的应用价值。FFPE(Formalin Fixation And Paraffin Embedding)即石蜡包埋样本,指用福尔马林固定并进行石蜡包埋的样本,是一种常见
Mascot蛋白鉴定
Mascot蛋白鉴定-详情Mascot是一款经典的蛋白鉴定数据库软件,也是常用的肽质量指纹图谱(PMF)检索工具,在质谱鉴定蛋白质中发挥重要作用。蛋白肽段经质谱仪检测后获得质谱数据需要与理论数据库中的数据进行比较和评价,才能将实验数据转换成具有生物学意义的结果。利用Mascot软件进行检索时,需要根据样品及仪器的实际使用情况设置相应的检索参数以限制检索范围。检索参数主要包括检索的数据库Database、所使用的水解酶、未水解的
转录组与蛋白组联合分析九象限图
转录组与蛋白组联合分析九象限图-详情转录组与蛋白组分别从RNA和蛋白质水平对样本进行研究,转录组主要是基因的表达情况,蛋白组主要是转录组的翻译情况,将两者进行整合分析即转录组与蛋白组联合分析,可以对两者的数据进行差异分析,从众多候选基因中快速寻找与研究性状相关的关键基因。由于翻译调控机制的存在,实际上蛋白组与转录组的数据相关性较低,九象限图此时就可以发挥关键作用。九象限图是在原有的四象限图的基础上发展
质谱筛选互作蛋白
质谱筛选互作蛋白-详情质谱分析相互作用蛋白主要是对相互作用蛋白进行鉴定和验证。通常将质谱技术与其他技术联合进行相互作用蛋白筛选、鉴定和分析工作,如免疫沉淀技术(IP)、免疫共沉淀技术(Co-IP)、Pull down、GST Pull down和酵母双杂交技术等。互作蛋白分析的第yī步就是要获得相互作用蛋白质,IP、Co-IP、(GST)Pull down以及酵母双杂交等技术利用抗体将靶蛋白或相互作用蛋白从样品中沉淀下来,获得与抗体相互作用的目标
质谱分析蛋白质修饰泛素化
质谱分析蛋白质修饰泛素化-详情泛素化修饰(Ubiquitylation)是真核生物中常见的蛋白质翻译后修饰方式,指小分子多肽泛素在相关酶的作用下通过级联反应以共价键连接在底物蛋白或目标蛋白的氨基酸残基上的过程。泛素化修饰质谱分析就是利用质谱技术对泛素化修饰进行鉴定,包括泛素化修饰定性鉴定、泛素化位点鉴定以及泛素化水平鉴定等。由于正常生理状态下泛素化水平较低,在进行质谱鉴定前,有必要对泛素化肽段进行分离富集,以提
质谱分析蛋白质修饰
质谱分析蛋白质修饰-详情蛋白质修饰即蛋白质翻译后修饰(Post-Translational Modifications,PTMs),是指蛋白质翻译中或翻译后在蛋白质相关氨基酸残基添加化学基团(如磷酸酯、泛素分子、糖基、酰胺基或甲基等)的过程。常见的蛋白质翻译后修饰包括磷酸化、糖基化、乙酰化、甲基化和泛素化等。蛋白质翻译后修饰能赋予蛋白质组丰富的生物学功能,参与调节各项生命活动,如转录调控、细胞生长分化、蛋白转运以及胞间信号传导等。质
质谱分析蛋白质
质谱分析蛋白质-详情蛋白质质谱分析就是利用质谱技术对单一蛋白质或蛋白混合物进行鉴定、分析。质谱技术主要是对物质的相对分子质量和含量或浓度进行分析,广泛运用于各种蛋白质分析中,如鉴定蛋白质种类、测定蛋白质氨基酸序列、预测蛋白质空间结构、验证或寻找相互作用蛋白、定性和定量鉴定蛋白翻译后修饰等。质谱技术分析蛋白质的基本原理是利用质谱检测得到的质谱图如肽质量指纹图谱和肽序列标签数据与数据库中存储的数据进行
MRM技术
MRM技术-详情多反应监测技术MRM(multiple reaction monitoring)是在单反应监测的基础上发展起来的一种研究目标蛋白的靶向定量蛋白组学的方法。MRM基于假定的或目标分子的信息,利用四级杆高选择性的特点有针对性的选择数据进行质谱信号采集,摒弃其他不符合规则的离子信号的干扰。简而言之,就是有选择性对我们需要的数据进行质谱检测和分析。在蛋白翻译后修饰定量研究、生物疾病靶标jué对定量研究中广泛应用。百泰派克生物科技
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