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新合成及再循环的胆汁酸被分泌至胆管以防止肝内高浓度梯度的胆汁淤积。胆汁酸的主动运输是调节胆汁酸形成及流动的一个重要因素。胆汁酸的分泌也高度影响着胆固醇、磷脂、胆红素分泌入胆汁。胆汁酸主动运输所产生的渗透压导致水和电解质分泌入胆管增加，从而使胆汁流过胆管的量增加。
胆酸合成过程
胆汁酸在胆囊中的生理作用
胆汁酸在胆囊中储存浓缩5-10倍。进餐后，胆囊在胰酶分泌素作用下发生收缩。在收缩过程中，胆囊的作用像马达，驱动肠肝循环。通常情况下，在进餐消化后30分钟内，十二指肠中的胆汁酸浓度急剧升高。
在肠道中，各种形式的胆汁酸充分发挥各自的生理功能，并再次决定了自身的命运。肠道上段胆汁酸与脂类的消化吸收有关。肠道下段(即回肠及近侧结肠)胆汁酸自身发生变化:在肠内细菌作用下发生转化，并在肠黏膜中大部分以原来的或转化的形式按主动运输或被动运输机理被重新吸收。只有一小部分随食物残渣排出体外。
胆汁酸通过肠道时的吸收和排出与两个特性有关:溶解性和极性。在末端回肠PH条件下，六种主要胆汁酸盐都是可溶的，因此均为游离态酸。当与吸收表面接触时，这些复合物全部被吸收。但是，石胆酸及其复合物可溶性差，极不容易被吸收。极性主要由两个因素决定，一个是核的羟基数目，另一个是酸根的离子化程度，牛磺酸结合物的离子化程度较高，甘氨酸结合物离子化程度中等，而自由酸较低。胆汁酸盐极性越差，越容易与未吸收的纤维素或细菌结合，也越容易通过被动扩散被吸收。
